被玩家们称为“女神厂”的Atlus于1986年由原野直也、横山秀幸、冈田耕始所创立，这三位都是Tecmo的原社员，在离开Tecmo之后成立了Atlus，并在日后为Atlus的第一部作品《女神转生》倾祝了无数心血。

Atlus在刚起步阶段，无论是游戏制作还是开发，甚至到发行都受到Namco的大力协助，由于当时Namco负责发售Atlus的游戏作品，所以在《女神转生》中还出现有Namco的公司标示。直到1992年10月Atlus脱离Namco，开始自行发售游戏作品，才将《女神转生》系列作品的标题前面加上了“真”字。

1993年Atlus进入格斗游戏领域，发售《豪血寺一族》，虽然当时格斗游戏市场处于《街头霸王2》与《侍魂》的天下，但是《豪血寺一族》还是利用自身的特点与极高的素质成功分得一杯羹，在街机作品发售两年后本作在SFC与MD平台登场。1996年9月Atlus的另一款知名系列《女神异闻录》初代发售，这款游戏虽然比不上《FF》的剧情，也没有《DQ》的人气，但是越凭借自己独特的设定与世界观赢得了好评。并与《女神转生》、《恶魔召唤师》、《魔剑X》系列并称Atlus的看家四神作。

到了2006年，由于Atlus一直开发的游戏作品处于小众向游戏作品，在游戏开发严重亏损的情况下宣布将接受株式会社Index控股的收购。可惜到了2013年Index也因经营不善的原因破残解散，在同年的9月18日SEGA宣布将Index完全收购，并与2014年将其分割，Atlus独立出品牌，成立株式会社ATLUS。